Originalmente incluía solo a las congregaciones de habla inglesa y abarcaba todo el territorio nacional. Las congregaciones de habla española se unieron a la Diócesis en 1906. Nuestro primer obispo fue el Revdmo. Enrique D. Aves quien permaneció en su cargo hasta 1923, siendo sucedido por el Revdmo. Frank W. Creighton.  En 1931 fue consagrado el Revdmo. Efraín Salinas y Velasco, quien se convirtió en el primer obispo nacional, y el primer obispo mexicano en toda la Comunión Anglicana. El Obispo Salinas se retiró en 1957, y fue sucedido por el Revdmo. José G. Saucedo en 1958.

La Revolución Mexicana de 1910 causó la salida de la gran mayoría de la población extranjera, esto afectó muy seriamente a la Diócesis de México; ya que, de aproximadamente 35 iglesias de habla inglesa, solo sobrevivieron dos. Esto hizo que, prácticamente, de la noche a la mañana, la diócesis se convirtiera en mayoritariamente mexicana y de habla española, como lo es hasta el día de hoy.

La Diócesis de México fue dividida en 1972, y de ella se crearon las Diócesis del Norte y del Occidente de México; y nuevamente, fue dividida en 1989, con la creación de las Diócesis de Cuernavaca y del Sureste de México.

La Iglesia Anglicana de México, que incluye a las cinco diócesis ya mencionadas, fue erigida como una Provincia Autónoma dentro de la Comunión Anglicana el día 13 de mayo de 1995.

En ese momento, el Obispo Diocesano era el Revdmo. Sergio Carranza Gómez, quien había sido consagrado en 1989. 

La diócesis tiene un total de 31 iglesias, de las cuales 13 son parroquias, 14 son misiones y 4 son estaciones de predicación. El número total de clérigos activos es de 30, de los cuales 5 son mujeres y 10 son voluntarios. 

La Diócesis de México ordenó por primera vez a una mujer en 1982. 

Nuestra comunidad diocesana cuenta con aproximadamente diez mil feligreses, y está integrada por mexicanos bautizados, confirmados o recibidos en nuestra Iglesia, por extranjeros residentes en México, muchos de los cuales continúan registrados en sus iglesias de origen, y por un creciente número de personas que, no perteneciendo canónicamente a nuestra Iglesia, viven plenamente su vida espiritual, litúrgica y sacramental en nuestras varias congregaciones.

Las principales instituciones diocesanas son la Catedral de San José de Gracia y el Seminario de San Andrés. 

La catedral fue construida en 1661, como un templo conventual perteneciente a la Iglesia Católica Romana, y fue adquirida por nuestra Iglesia en 1869, y rededicada, ahora para el culto anglicano, el 23 de abril de 1871.